Me revoltën e armatosur të Gjakovës dhe me aksionin diplomatik të pranverës së vitit 1879, Lidhja Shqiptare ia hoqi Portës së Lartë de facto të drejtën që të fliste në emër të Shqipërisë. Veç kësaj, me qëndresën e saj energjike, ajo bëri që të zvarriteshin e të mos zbatoheshin menjëherë dy vendimet e rëndësishme të Kongresit të Berlinit, që cenonin interesat kombëtarë të Shqipërisë, njëri në favor të Malit të Zi (neni 28 i Traktatit) dhe tjetri në dobi të Greqisë (Protokolli nr. 13 i Kongresit).
Megjithatë Lidhja e Prizrenit nuk e kishte plotësuar ende përfundimisht programin e saj. As gjashtë Fuqitë e Mëdha nuk ishin të prirura t’i anulonin vendimet që kishin marrë në Kongresin e Berlinit, as dy shtetet fqinje ballkanike nuk kishin ndërmend të hiqnin dorë nga viset që u kishin premtuar Fuqitë e Mëdha. Si rrjedhim, lufta për mbrojtjen e trojeve shqiptare ende nuk kishte marrë fund, përkundrazi, parashikohej që ajo të merrte trajta të përgjakshme.
Pas vrasjes në Gjakovë të mareshal Mehmet Ali pashës, Porta e Lartë u dha të kuptojnë Fuqive të Mëdha se e kishte tepër të vështirë të përmbushte kundrejt Malit të Zi detyrimet territoriale që rridhnin nga Traktati i Berlinit. Por knjaz Nikolla nuk donte të dinte për asnjë justifikim. Nga frika se me kalimin e kohës mund të ndryshonin rrethanat ndërkombëtare në dëm të saj, Cetina kërkonte vazhdimisht ndërhyrjen e Fuqive të Mëdha për ta detyruar Perandorinë Osmane të dorëzonte sa më parë krahinat e Podgoricës, të Shpuzës, të Zhabjakut, të Plavës, të Gucisë e të Rugovës, të cilat Kongresi i Berlinit ia kishte dhënë Malit të Zi. Veç kësaj, si kundërpeshë ajo po e vononte dorëzimin e Ulqinit, të Dinoshit dhe të Bregut të Bunës, të cilat i mbante të pushtuara qysh nga koha e luftës, por që sipas Traktatit të Berlinit duhej t’i ktheheshin Perandorisë Osmane.
Presionin më të fortë ndaj Perandorisë Osmane e ushtroi Rusia cariste, e cila vijoi ta kushtëzonte tërheqjen e ushtrive të saj pushtuese nga Traka me dorëzimin e krahinave që i qenë premtuar Malit të Zi. Fuqitë e tjera të Mëdha u bashkuan me presionin carist, pasi e shikonin me shqetësim qëndrimin e mëtejshëm të ushtrive ruse në afërsi të Stambollit. Kështu, në fund të vitit 1878, Porta e Lartë vendosi t’i zbatonte detyrimet territoriale kundrejt Malit të Zi.
Vendimi i Stambollit ngriti përsëri në këmbë shqiptarët. Për të shqyrtuar gjendjen e re u mblodh menjëherë, në fillim të janarit 1879, Komiteti Kombëtar i Lidhjes, i cili ripohoi qëndrimin e vet të caktuar më parë. Sipas kësaj vije, Lidhja e Prizrenit nuk do ta pengonte dorëzimin e Podgoricës, të Shpuzës e të Zhabjakut, pasi ato banoheshin nga popullsi të përziera sllavo-shqiptare, por do ta kundërshtonte me armë lëshimin e Plavës dhe të Gucisë, popullsia e të cilave ishte në masën dërrmuese shqiptare. Vendimin e Komitetit Kombëtar e miratuan të dy komitetet ndërkrahinore të vilajeteve të Shkodrës dhe të Kosovës, të cilat po në janar 1879 mblodhën kuvendet e tyre të jashtëzakonshme, pothuajse në atë kohë që zhvilloi punimet e veta edhe Kuvendi Ndërkrahinor i Prevezës. Meqenëse Plava e Gucia bënin pjesë në vilajetin e Kosovës, barrën e drejtimit dhe të organizimit të luftës për mbrojtjen e tyre e mori përsipër Komiteti Ndërkrahinor i Prizrenit, i cili nga ana e vet formoi një shtab ushtarak të posaçëm, me Ali pashë Gucinë në krye.
Ndërkaq u mblodh në fshatin Virpazar, në afërsi të liqenit të Shkodrës, komisioni turko-malazez, i cili më 2 shkurt 1879 nënshkroi marrëveshjen dypalëshe për formalitetet e dorëzimit brenda një jave të krahinave të vilajetit të Shkodrës, që i takonin njëra-tjetrës sipas Traktatit të Berlinit. Nga frika e kryengritjes së shqiptarëve, Porta e Lartë nuk pranoi ta përfshinte në marrëveshje dorëzimin e Plavës e të Gucisë, duke e lënë çështjen e tyre për t’u zgjidhur më vonë. Sipas marrëveshjes, dorëzimi i Podgoricës, i Shpuzës dhe i Zhabjakut nga ana e autoriteteve turke u krye pa vështirësi. Po ashtu u bë edhe dorëzimi i Ulqinit, i Dinoshit dhe i Bregut të Bunës nga ana e autoriteteve malazeze.
Por Mali i Zi nuk deshi ta linte punën të zgjatej më tej. Knjaz Nikolla iu drejtua menjëherë Fuqive të Mëdha, duke kërkuar prej tyre që ta detyronin Perandorinë Osmane t’ia dorëzonte dy krahinat shqiptare (Plavën dhe Gucinë) Malit të Zi. Nga ana e vet Porta e Lartë u kërkoi Fuqive të Mëdha të dërgonin në Plavë e në Guci një Komision Ndërkombëtar për t’u bindur për vështirësitë që gjente te shqiptarët e egërsuar nga padrejtësitë e Kongresit të Berlinit. Në vend të tij ato dërguan Komisionin Ndërkombëtar për caktimin e vijës së kufirit, të përbërë nga përfaqësues të gjashtë Fuqive të Mëdha dhe të dy shteteve të interesuara. Komisioni filloi nga puna në maj 1879 dhe për disa muaj me radhë u mor me caktimin e pikave të kufirit turko-malazez në vilajetin e Shkodrës. Por gjatë verës, kur Komisioni Ndërkombëtar donte të shkonte në Plavë e në Guci, përfaqësuesit e Komitetit Ndërkrahinor të Prizrenit u paraqitën Fuqive të Mëdha, më 22 gusht 1879, një notë me shkrim, me të cilën deklaronin se nuk do të njihnin asnjë ndryshim të kufirit me Malin e Zi pa pjesëmarrjen në Komisionin Ndërkombëtar të krerëve të Lidhjes Shqiptare dhe pa u miratuar vendimet e tij nga e “gjithë” Shqipëria. Pas kësaj note të rreptë, Komisioni Ndërkombëtar e ndërpreu punën e vet, pezulloi udhëtimin e tij për në Plavë e në Guci.
Me këtë rast filluan përsëri protestat e Malit të Zi dhe ndërhyrjet e Fuqive të Mëdha për ta detyruar Perandorinë Osmane që ta zgjidhte sa më parë çështjen e Plavës e të Gucisë. Porta e Lartë provoi t’i bindte banorët e dy krahinave kufitare që të hiqnin dorë nga qëndresa e mëtejshme, duke u premtuar familjeve, që nuk dëshironin të jetonin nën sundimin malazez, se do t’u jepte tokë në vendbanime të reja dhe se do t’i çlironte nga taksat për dhjetë vjet. Por shqiptarët nuk u lëkundën nga vendimi i tyre. Atëherë knjaz Nikolla filloi të kërcënonte se do ta zgjidhte këtë çështje me anën e luftës së armatosur dhe se në një rast të tillë nuk do të aneksonte vetëm Plavën e Gucinë, por edhe vise të tjera shqiptare.
Në këto rrethana, marrëdhëniet shqiptaro-malazeze erdhën duke u keqësuar vazhdimisht. Gjatë muajit tetor 1879 Mali i Zi filloi përqendrimin e ushtrive në kufi, duke e çuar numrin e tyre në 5 600 veta. Këtyre masave Lidhja e Prizrenit iu përgjigj duke vënë në gatishmëri luftarake forcat e saj të armatosura.
Sipas vendimit që Këshilli i Përgjithshëm i Lidhjes kishte marrë më 3 tetor 1879, Komisioni Ushtarak a Shtabi Ushtarak, nën kryesinë e Ali pashë Gucisë, i krijuar nga Komiteti Ndërkrahinor i Lidhjes Shqiptare për Kosovën, shpalli për zonën e Plavës e të Gucisë gjendjen e luftës. Të gjithë burrat plavianë e gucianë të aftë për armë u shpallën luftëtarë që do të qëndronin në gatishmëri në shtëpitë e tyre. Po në tetor 2 mijë gjakovarë të armatosur u nisën për në Guci. Në fund të tetorit mbërritën këtu edhe vullnetarë nga Shkodra e Malësia.
Porta e Lartë, për të mënjanuar konfliktin e armatosur, i propozoi Cetinës që në vend të krahinave shqiptare të Plavës e të Gucisë t’i jepte disa vise sllave të Hercegovinës. Por propozimin e Stambollit, të cilin e kundërshtoi Austro-Hungaria, nuk e pranoi as Mali i Zi.
Pas disa ndeshjeve sporadike kufitare, që ndodhën gjatë tetorit, knjaz Nikolla vendosi më në fund të kalonte në sulme të hapura. Më 31 tetor dhe 1 nëntor 1879 forcat malazeze, duke dashur të tërheqin vëmendjen e Fuqive të Mëdha dhe, njëherazi, të matnin pulsin e shqiptarëve, kryen dy inkursione kundër vijës mbrojtëse të forcave të Lidhjes, të parin në fshatin Pepaj dhe të dytin në fshatin Arzhanicë. Në këtë të fundit vranë në befasi 30 fshatarë dhe dogjën mjaft shtëpi, por pas disa orë luftimesh u dëbuan nga forcat e Lidhjes. Në të vërtetë këto qenë sulme demonstrative, të cilat shqiptarët i përballuan pa ndonjë vështirësi. Edhe pse dështoi, sulmi malazez nxiti një valë të madhe mobilizimi në të katër anët e Shqipërisë. Me mijëra vullnetarë të tjerë vrapuan në krahinat e Gjakovës, të Pejës, të Dibrës e të Shkodrës. Gatishmëria e shqiptarëve qe aq masive, sa Shtabi Ushtarak i Lidhjes së Prizrenit, i vendosur në Guci, u detyrua të pengonte nisjen e tyre drejt frontit, pasi nuk ua ndiente nevojën dhe nuk kishte mundësi për t’i sistemuar.
Në fillim të muajit dhjetor forcat kryesore malazeze qenë rreshtuar gjatë vijës kufitare, në fshatrat Murinë, Pepaj, Arzhanicë e Velikë, kurse forcat shqiptare përballë tyre në fshatrat Guci, Kolenivicë, Martinaj, Plavë e Nokshiq. Midis forcave malazeze dhe shqiptare në sektorin verilindor kalonte lumi Lim vetëm me një urë prej druri. Zona malazeze ishte kryesisht malore, ndërsa në atë shqiptare dominonte pllaja e Plavës.
Më 4 dhjetor 1879, pjesa më e mirë e ushtrisë malazeze prej 4 mijë ushtarësh, nën komandën e Mark Milanit, ndërmori një sulm të furishëm në sektorin e Nokshiqit, në drejtim të Plavës e të Gucisë. Shtabi ushtarak i Lidhjes, i përbërë nga Ali pashë Gucia (kryetar), Jakup Ferri, Sulejman Vokshi, Haxhi Zeka, Filip Çeka, Jusuf Sokoli e të tjerë, midis të cilëve kishte edhe disa oficerë të karrierës, u përgjigj duke hedhur në sulm rreth 2 mijë luftëtarë. Luftimet më të ashpra u bënë në luginën e Nokshiqit, ku u angazhuan forca të shumta malazeze. Luftëtarët u përleshën aq ashpër me njëri-tjetrin, sa që të dy palët lanë mënjanë hutat dhe nxorën jataganët, duke u përleshur trup me trup. Përleshja vazhdoi disa orë me radhë. Forcat vullnetare të Lidhjes ndalën sulmin e ushtrisë malazeze dhe i shkaktuan asaj disfatë në Nokshiq, duke e detyruar të tërhiqej brenda kufijve të Malit të Zi. Edhe pse të dhënat për humbjet e të dy palëve janë kontradiktore, mund të nxirret si përfundim se nga malazezët pati 300 të vrarë e të mbytur në lumë gjatë tërheqjes, ndërsa nga shqiptarët 300-400 veta. Në këto luftime u vra edhe një nga komandantët e shquar të ushtrisë së Lidhjes, Jakup Ferri.
Vendosmëria e shqiptarëve për të qëndruar deri në fund dhe këmbëngulja e Cetinës për të vazhduar më tej luftën alarmuan si Fuqitë e Mëdha, ashtu edhe Perandorinë Osmane. Nga frika e ndërlikimeve të reja, Porta e Lartë vendosi ta zgjidhte me çdo kusht dorëzimin e dy krahinave kufitare. Për këtë qëllim ajo nisi menjëherë për në Kosovë mareshal Ahmet Muhtar pashën, i cili atë kohë ishte komandanti i Armatës osmane të Rumelisë me qendër në Manastir. Mareshali, i shoqëruar nga 11 batalione (rreth 6 000 ushtarë), sapo arriti në Prizren thirri në takim anëtarët e Komitetit Kombëtar të Lidhjes për t’i bindur që t’i nënshtroheshin vendimit të sulltanit. Por ata nuk pranuan. Më 14 dhjetor 1879 lëshoi një shpallje, me të cilën u kërkonte shqiptarëve që të merrnin në konsideratë gjendjen kritike të Portës së Lartë dhe të mos pengonin dorëzimin e dy krahinave kufitare, pasi me qëndresën e tyre po shkaktonin shkatërrimin e Perandorisë Osmane, por as lutjet, as kërcënimet nuk dhanë rezultat. Më 15 dhjetor 1879 u mblodh në Guci Kuvendi i përfaqësuesve të Komitetit Ndërkrahinor të Kosovës, i cili vendosi që ta kundërshtonte me armë deri në fund dorëzimin e kalasë së Gucisë. “Ne, banorët e Plavës e të Gucisë, - thuhej në memorandumin e miratuar nga Kuvendi, - nuk i njohim traktatet e shteteve evropiane që u japin malazezëve tokat e trashëguara nga prindërit tanë. Ne do ta kundërshtojmë me armë dorëzimin e tokave tona”.
Sipas porosisë që kishte dhënë Porta e Lartë, Ahmet Muhtar pasha mori masa ushtarake për të penguar vajtjen e vullnetarëve shqiptarë në Plavë e në Guci. Për këtë qëllim ai solli nga Mitrovica edhe 7 batalione të tjera, të cilat i vendosi nëpër shtigjet e rrugëve. Pas kësaj u nis për në Gjakovë, ku gjeti një gjendje më të acaruar se në Prizren. Gjakovarët e paralajmëruan se, po ta vazhdonte më tej rrugën drejt kufirit, do të pësonte fatin e Mehmet Ali pashë Maxharit. Kur pa se edhe Peja e kishte bllokuar rrugën për në Plavë e në Guci, mareshali osman e ndërpreu misionin e vet, hoqi dorë nga vajtja në Guci dhe u kthye në Prizren.
Dështimi i misionit të Ahmet Muhtar pashës e bindi përfundimisht knjaz Nikollën të mos shpresonte më as te ndërhyrjet e Fuqive të Mëdha. Si rrjedhim, ai vendosi të ndërmerrte kundër forcave të Lidhjes Shqiptare një mësymje të përgjithshme, e cila u zhvillua javën e parë të muajit janar 1880. Në këtë mësymje u hodh pothuajse e gjithë ushtria malazeze, 25 batalione me rreth 9 mijë veta, që u rreshtuan përballë Plavës e Gucisë.
Sapo u njoftua për përgatitjet ushtarake të Cetinës, Shtabi Ushtarak Shqiptar i përforcoi masat mbrojtëse. Me thirrjen e Lidhjes Shqiptare u mobilizuan mijëra vullnetarë nga e gjitha Shqipëria, nga Plava, Gucia, Peja, Prizreni, Gjakova, Shkodra, Dibra dhe nga krahinat më të largëta të Shqipërisë së Jugut. Por shtabi ushtarak i kryesuar nga Ali pashë Gucia, që mori vetë në dorë drejtimin e operacioneve luftarake, përqendroi në zonën kufitare me Plavën e Gucinë 4 mijë luftëtarë vendas dhe 3 mijë vullnetarë të tjerë, gjithsej 7 mijë veta.
Komanda malazeze kishte rreshtuar në vijën e parë të frontit forcat vullnetare të komanduara nga Mark Milani, të cilët do të fillonin sulmin sipas taktikës së tyre tradicionale që kishte pasur kurdoherë sukses përballë ushtrive osmane. Forcat malazeze ishin përqendruar në një sektor të ngushtë (Velikë-Pepaj), me qëllim që t’i shpartallonin shqiptarët që me sulmin e parë, në drejtim të Plavës. Por Shtabi Ushtarak Shqiptar ua mori malazezëve në mënyrë të papritur iniciativën. Më 6 dhe 7 janar 1880 njësi të vogla shqiptarësh, me qëllim që të tërhiqnin vëmendjen e komandës ushtarake malazeze, ndërmorën dy sulme në verilindje të Malit të Zi, nga ana e sanxhakut të Novi Pazarit. Komanda ushtarake malazeze, duke kujtuar se shqiptarët do të vazhdonin të sulmonin nga verilindja, për t’u dalë forcave të tyre prapa shpine e tërhoqi ushtrinë nga zona jugore dhe e nisi drejt veriut. Duke përfituar nga kjo rrethanë, forcat shqiptare, të rreshtuara në sektorin e Plavës, shpërthyen më 8 janar një sulm të furishëm kundër pozitave të armikut që ndodhej në Velikë, në Pepaj e në Arzhanicë.
Sulmin e nisën luftëtarët e Nokshiqit të komanduara nga Kurt Asllani dhe Nure Kurti. Mësymja ishte e furishme dhe pas luftimesh të ashpra e trup më trup forcat malazeze, të përbëra nga 4 mijë luftëtarë, u detyruan të tërhiqeshin. Ushtritë e Lidhjes, pasi thyen edhe njësitë malazeze të komanduara nga Mark Milani, hynë në tokën malazeze, shtinë në dorë Arzhanicën, Velikën e Pepajn dhe u drejtuan për në Murinë. Luftimet më të përgjakshme u bënë në Velikë e në Pepaj, prandaj përpjekja e 8 janarit mori emrin e tyre. Ushtria malazeze u tërhoq në Sutjeskë. Por Shtabi Shqiptar nuk kishte ndërmend të vazhdonte përparimin në thellësi të tokës së Malit të Zi. Më 9 janar ai urdhëroi forcat shqiptare, që nuk hasën ndonjë kundërshtim nga ushtritë malazeze, të tërhiqeshin në kufirin e vjetër.
Gjatë betejës së Pepajt e të Velikës, të dyja palët patën dëme në njerëz, por, sipas të dhënave të ndryshme, ato të Malit të Zi qenë më të shumta. Shqiptarët lanë në këto luftime edhe dy kapedanët trima, Kurt Asllanin e Nure Kurtin.
Vrulli patriotik që përshkoi luftën në Velikë e në Pepaj dhe fitorja që shqiptarët korrën kundër ushtrive malazeze më 8 janar 1880, la përshtypje të thellë në opinionin ndërkombëtar. Disa ditë më vonë, kryekonsulli austro-hungarez në Shkodër, Shmuker, i cili e ndoqi së afërmi zhvillimin e betejës, i raportonte qeverisë së vet: “Vetë malazezët pohojnë se në luftën e Velikës e të Pepajt shqiptarët luftuan burrërisht dhe fituan mbi ta. Dhe me të vërtetë, fuqia e Lidhjes (së Prizrenit - shën. i aut.) e theu atë ushtri malazeze që ka qenë kurdoherë e zonja t’u bëjë ballë forcave turke. Shqiptarët luftuan të shtyrë nga ideja kombëtare”. Pas kësaj, opinioni publik evropian filloi të interesohej për historinë e popullit shqiptar dhe për të drejtat e tij kombëtare. Veç kësaj, disa publicistë kritikuan Kongresin e Berlinit që nuk i kishte përfillur të drejtat e një kombi aq trim dhe aq liridashës, siç ishte populli shqiptar.
Me fitoren që korrën në Nokshiq, në Pepaj e në Velikë shqiptarët i dhanë të kuptonte diplomacisë evropiane se Perandoria Osmane, sado që po e mbante Shqipërinë prej pesë shekujsh nën zgjedhë, nuk ishte zonjë e trojeve të saj dhe se zotër të këtyre trojeve ishin banorët shqiptarë.
Disfata që pësoi në front e bindi qeverinë malazeze se ajo vetë nuk ishte në gjendje ta thyente qëndresën e Lidhjes Shqiptare me anën e luftës së armatosur. Për këtë arsye knjaz Nikolla shpalli menjëherë se i kishte pezulluar veprimet luftarake në kufi dhe se zbatimin e Traktatit të Berlinit në këtë pikë po ua linte përsëri në dorë Fuqive të Mëdha. Madje ai kërkoi nga konsulli britanik në Shkodër që të ndërhynte pranë autoriteteve qeveritare të vilajetit, me qëllim që edhe shqiptarët t’i pezullonin veprimet e mëtejshme luftarake.